Mikrobiološke pretrage se u Hrvatskom zavodu za javno zdravstvo provode na tri razine:
- dijagnostika ambulantnih uzoraka
- dijagnostika u različitim područjima mikrobiologije koja se na nacionalnoj razini provodi isključivo na HZJZ-u u sklopu aktivnosti referentnih centara
- hitna mikrobiološka dijagnostika, uključujući analize koje se provode u uvjetima biološke zaštite stupnja 3 i 3/4 (BSL-3 i BSL-3/4)
U Službi za mikrobiologiju nalaze se suradni i nacionalni referentni centri Svjetske zdravstvene organizacije (SZO) i 19 nacionalnih referentnih centara za suradnju s Europskim centrom za sprečavanje i kontrolu bolesti (ECDC).