TIJELA ZAVODA

- Upravno vijeće

- Ravnatelj

- Zamjenik ravnatelja

- Pomoćnik ravnatelja za kvalitetu

Vijeća i povjerenstva:
- Stručno vijeće
- Stručni kolegij
- Etičko povjerenstvo
- Povjerenstvo za lijekove

- Povjerenstvo za kvalitetu
- Znanstveno-nastavna jedinica

SLUŽBE ZAVODA:

- Služba za epidemiologiju zaraznih bolesti
- Služba za epidemiologiju kroničnih masovnih bolesti

- Služba za mikrobiologiju

- Služba za javno zdravstvo

- Služba za školsku i adolescentnu medicinu i prevenciju ovisnosti

- Služba za zdravstvenu ekologiju

- Služba za gospodarstvene poslove

- Služba za pravne, kadrovske, tehničke i opće poslove

- Služba za medicinsku informatiku

Samostalni odjeli

- Odjel za promociju zdravlja i uredništvo časopisa HČJZ

- Odjel za unutarnju reviziju