Instructions for sample collection and handling

Croatian Institute of Public Health / Instructions for sample collection and handling
Print page

This section lists methods of sample collection for microbiology diagnostic tests performed at the Croatian Institute of Public Health.

Sample Collection Centre: +385 1 48 63 236

 

General guidelines for sample collection

Instructions for sample collection and handling

 

GENERAL GUIDELINES FOR SAMPLE COLLECTION

The validity of test results largely depends on the quality of sample processing.

To obtain reliable results of microbiological tests it is of utmost importance that an adequate sample of clinical material be selected, collected (taken at the right time, from an appropriate site and in sufficient quantity), transported and/or stored correctly. As much material as possible should be obtained when collecting microbiology specimen.

It is essential that a patient’s physicians and other healthcare providers collaborate well with microbiology laboratory to the benefit of patient’s well-being.

Therefore, it is necessary to follow the protocol for proper selection, collection and safe handling of clinical samples at transportation to laboratory.

Principles for collection of clinical samples for microbiology testing

  • To detect a causative agent, specimens should be obtained from the site of infection.
  • In general, microbiological specimen should be collected before beginning any treatment. However, if this is not possible, any drug(s) administered should be specified.
  • Specimen should be stored in a sterile firmly closed container.
  • Contamination with physiological flora should be avoided.
  • Specimen container must be clearly labelled with a patient’s name and surname.
  • A request form should, in addition to patient’s general identification data, be accompanied by the following data: type of specimen,  date and time collected, diagnosis and/or main symptoms, laboratory and epidemiologic data.
  • Laboratory request form should specify the diagnostic test requested. If this information is not provided, the laboratory will determine the thest based on diagnosis at referral, patient’s age, sex and other relevant data available.
  • Samples can be taken at the Sample collection centre of the CIPH’s Division for Microbiology or in another healthcare facility and delivered personally as soon as possible, within 2-3 hours after sampling.
  • Some specimens can be sent by post (stool for cysts and helminths, serum, permanent preparations). In this case attention should be paid to packing of infectious clinical samples: specimens must always be well sealed in a solid container (not an envelope!) to avoid breaking and sample leakage during transport for risk of infection!
  • Some specimens must be encased in special transport dip-slides that may be obtained in laboratories of CIPH’s Division for Microbiology.

SPECIMEN COLLECTION AND TRANSPORT GUIDELINES

Samples:

Stool (feces)

Bacterial pathogens

  • stool specimen should in general be collected at the onset of disease, prior to treatment with antibiotics;
  • the specimen should not be contaminated by urine or contain disinfectants or detergents;
  • 2-3 mL specimens of liquid stool or 1-2 g of solid stool (the size of a hazelnut) in a sterile container placed within a wooden box;
  • the stool specimen should be delivered to the laboratory two hours after collection at the latest. If this is not possible, specimen can be stored at +4°C for a maximum of 24 hours before being delivered to the laboratory. It is recommended that pepper size stool specimen be stored in transport medium and sent to laboratory;
  • stool sample collected for H. pylori test must be delivered to the laboratory on the same day!
  • rectal swab should be taken only when stool specimen is not available (children, severely ill patients). Insert the swab 2.5 cm beyond the anal sphyncter and rotate it gently. The swab must contain visible traces of stool. Further procedure as with stool specimen;
  • rectal swab for the isolation of N. gonorrhoeae must be sent in transport medium;
  • results of bacteriological examination of stool sample or rectal swab are available after three days.

Viral pathogens

  • stool specimen should be collected during the first three days from the onset of symptoms (best 2 stool samples within 24 hours);
  •  2-3 mL of liquid stool or 1-2 g of solid stool  (hazelnut size) in a sterile container are necessary;
  • stool specimen must be immediately delivered to the laboratory; if this is not possible, specimen can be stored at +4°C for a maximum of 48 hours.  Dostavlja se u putnom hladnjaku ili termos boci;
  • if stool samples cannot be delivered during 48 hours, consult a microbiologist;
  • stool sample can be stored at -18°C and below for a longer time;
  • frozen stool sample should be transported to laboratory on ice in a thermos flask;
  • results of virological examination of stool sample are available in 2-14 days.

Parasitic pathogens

  • p2-3 mL of liquid stool or 1-2 g of solid stool  (hazelnut size) are necessary;
  • stool specimen must be immediately delivered to the laboratory or stored at +4°C for 24-48 hours;
  • for evidence of amoebic dysentery diarrheic stool sample must be analysed 30 minutes from collection at the latest – we therefore recommend prior arrangement with a microbiologist is made;
  • the patient must not undergo contrast radiological examination during the seven days preceding stool specimen collection, as that procedure reduces likelihood of discovering cysts of intestinal protists;
  • for evidence of cryptosporodiosis only specimen of diarrheic stool are analysed – in case cryptosporodiosis needs to be proven by analysis of solid stool sample, this should be noted on the request form;
  • results of parasitological examination of stool sample are available in 1-3 days.

Fungal pathogens

  • 2-3 mL of liquid stool or 1-2 g of solid stool  (hazelnut size) are necessary;
  • stool specimen must be immediately delivered to the laboratory or stored at +4°C for 24-48 hours;
  • stool sample should be collected 7-10 days after completion of antibiotic therapy;
  • results of mycological examination of stool sample are available in 3-5 days.

Perianal swab

Perianal swab for evidence of Enterobius vermicularis (threadworm) ova

  • predmetno stakalce (26 x 76 mm) s ljepljivom trakom («selotejp») može se dobiti u parazitološkom laboratoriju Službe za mikrobiologiju Zavoda ili se načiniti u ambulanti;
  • perianalni otisak uzeti ujutro nakon ustajanja, a prije pranja ili kupanja;
  • ljepljivu traku treba odlijepiti sa stakalca, raširiti gluteuse i nalijepiti traku preko perianalnih nabora uz blago pritiskanje;
  • traku zatim skinuti i nalijepiti ponovo preko stakalca;
  • predmetno stakalce staviti u ambalažu i dostaviti u laboratorij tijekom 24 sata;
  • rezultat pretrage dostupan je za 24 sata.

Obrisak ždrijela i tonzila

Obrisak ždrijela i tonzila za bakteriološku pretragu

  • drvenom lopaticom pritisnuti jezik i laganom rotacijom štapića obloženog vatom (bris) uz pritisak obrisati tonzile, tonzilarne lože i ždrijelo pazeći da se ne dotakne jezik ili sluznica usne šupljine;
  • kada su vidljivi gnojni čepići na tonzilama treba ih obrisati;
  • uzorak treba dostaviti u laboratorij unutar 2 sata od uzimanja;
  • ako to nije moguće obrisak treba uložiti u Stewart transportni medij, pohraniti na  sobnoj temperaturi (22-25°C) i dostaviti u laboratorij unutar 24 sata;
  • rezultati bakteriološke pretrage dostupan je za 1-3 dana.

Obrisak nosa za bakteriološku pretragu

  • sterilnim brisom ovlaženim u fiziološkoj otopini obrisati vestibulum nosa rotirajućm pokretima
  • transportni bris Stewart ili Amies unutar 2 sata pri sobnoj temperaturi
  • uzorak se čuva na sobnoj temperaturi unutar 24 sata
  • uzorak se uzima za otkrivanje stafilokoknog ili streptokoknog kliconoštva ili za ispitivanje lezije u nosu

Obrisak nazofarinksa za bakteriološku pretragu

  • rotirajući uvesti tanki sterilni vateni štapić u stražnji nazofarinks; pustiti da se bris natopi sekretom te ga nasaditi na hranjivu podlogu ili u transportni medij. Bris se uzima iz obje nosnice, osim ukoliko se dobije dovoljno materijala već nakon obriska prve nosnice. Samo na posebno traženje liječnika uzima se, na isti način, obrisak za izolaciju Bordetella pertussis; tada je važno uzimati uzorak sa štapićem koji je priložen uz transportnu podlogu u koju se odmah po uzimanju uzorka vraća.
  • transportni bris Stewart ili Amies unutar 2 sata pri sobnoj temperaturi
  • uzorak se čuva na sobnoj temperaturi unutar 24 sata
  • za izolaciju zahtjevnijih bakterija treba koristiti dakronski, rajonski ili kalginatni bris!

Obrisak ždrijela i tonzila za mikološku pretragu

  • drvenom lopaticom pritisnuti jezik i laganom rotacijom uz pritisak  štapićem obloženim vatom obrisati tonzile, tonzilarne lože i ždrijelo pazeći da se ne dotakne jezik ili sluznica usne šupljine;
  • kada su vidljivi gnojni čepići na tonzilama treba ih obrisati;
  • uzorak treba dostaviti u laboratorij unutar 24 sata ili obrisak može biti uzet u laboratoriju Službe za mikrobiologiju Zavoda;
  • rezultati mikološke pretrage dostupni su za 3-5 dana.

Duboki obrisak ždrijela (stražnje stijenke farinksa) i obrisak nazofarinksa za virološku pretragu

  • duboki obrisak ždrijela (stražnje stijenke farinksa) uzeti rotirajućim pokretima, uz pritisak, izbjegavajući jezik, tonzile i sluznicu usne šupljine;
  • obrisak nazofarinksa uzima se kao i za bakteriološku pretragu;
  • obrisak se uzima u prva tri dana bolesti;
  • obrisak treba uroniti u transportnu podlogu (Hanks), pohraniti na +4°C i dostaviti u laboratorij najkasnije tijekom 24 sata;
  • u nedostatku transportne podloge može se koristiti sterilna fiziološka otopina, uz naznaku na uputnici;
  • suhi obrisak i obrisak pohranjen na -18ºC nije pogodan za virološke pretrage;
  • rezultati virološke pretrage dostupni su za 24 sata.

Nazofaringealni sekret

Uzorak nazofaringealnog sekreta za virološku pretragu

  • uzima se u manje djece mukoznim ekstraktorom, vakuum pumpom i sondom uz eventualnu prethodnu aplikaciju 1 mL sterilne fiziološke otopine;
  • uzorak u dobro zatvorenom ekstraktoru treba odmah poslati u laboratorij ili pohranjenog na +4ºC dostaviti u laboratorij najkasnije unutar 24 sata od uzimanja;
  • najkvalitetniji je uzorak gornjeg dišnog sustava za virološku pretragu;
  • rezultati virološke pretrage dostupni su za 24 sata.

Obrisak larinksa

Obrisak larinksa na mikobakteriološku pretragu

  • obrisak larinksa treba uzeti ujutro, na tašte, u  bolesnika koji ne može dati dobar uzorak iskašljaja;
  • obrisak treba prije uzimanja umočiti u sterilnu destiliranu vodu ili fiziološku otopinu a metalni dio lagano saviti da prati krivinu jezika;
  • neposredno prije uzimanja obriska bolesnik se mora nakašljati;
  • uzorak treba što prije dostaviti u laboratorij ili pohraniti na +4º C do slanja u laboratorij;
  • izravna pretraga za dokaz  Mycobacterium tuberculosis (mikroskopija i molekularna dijagnostika) traje 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Sputum (iskašljaj)

Uzorak sputuma za bakteriološku i mikološku pretragu

  • jutarnji iskašljaj je najpogodniji uzorak;
  • prije uzimanja sputuma bolesnika treba uputiti o ispravnom postupku davanja uzorka;
  • bolesnik treba oprati zube četkicom bez zubne paste i isprati usta vodom da bi se smanjio broj popratnih bakterija, dijelova hrane ili ostataka lijekova;
  • kad god je moguće, poželjno je nadzirati davanje uzorka iskašljaja;
  • važno je upozoriti bolesnika da nazofaringealni sekret ili slina nisu iskašljaj;
  • bolesnik se treba duboko nakašljati i izbaciti iskašljaj (5-10 mL) u sterilnu posudu;
  • uzorak iskašljaja treba dostaviti  u laboratorij u roku od 2 sata, najkasnije 24 sata od uzimanja uz pohranu na +4°C;
  • za dokaz tuberkuloze preporučuje se uzimanje serije od najmanje tri uzorka iskašljaja (u sterilnoj posudici s čepom na navoj) tijekom tri uzastopna dana (obično ne više od šest). Posudica mora biti dostavljena u plastičnoj vrećici. Ne skupljati više uzoraka u jednoj posudici;
  • za dokaz pneumocistoze iskašljaj nije odgovarajući uzorak (pogodni uzorci kliničkog materijala su bronhoalveolarni lavat, inducirani sputum i bioptat pluća);
  • rezultati standardne bakteriološke pretrage dostupni su za 2-5 dana;
  • rezultati izravne dijagnostike tuberkulpze (mikroskopija i molekularna dijagnostika) dostupni su za 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana;
  • rezultati mikološke pretrage dostupni su za 3-7 dana.

Inducirani sputum

Uzorak induciranog sputuma na mikobakteriološku i mikološku pretragu

  • prije inhalacije bolesnik treba isprati usnu šupljinu vodom i očistiti zube četkicom (bez zubne paste) i popiti 2 čaše vode;
  • za inhalaciju se koristi oko 25 mL 3-5% sterilne otopine NaCl;
  • bolesnik inhalira aerosol uz pomoć ultrasoničnog inhalatora oko 20 minuta;
  • tijekom inhaliranja, svakih 5 minuta, bolesnik duboko iskašlje u sterilnu posudu (svaki iskašljaj posebno);
  • uzorak induciranog iskašljaja koristi se za dokaz Mycobacterium tuberculosis (i drugih vrsta mikobakterija) te dokaz Pneumocystis carinii (i drugih vrsta gljiva);
  • izravni dokaz Mycobacterium tuberculosis (mikroskopija i molekularna dijagnostika) traje 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana;
  • izravni dokaz Pneumocystis carinii traje 3-24 sata (kultivacija nije moguća);
  • izravna dijagnostika drugih gljivičnih vrsta traje također 24 sata a kultivacija 7-28 dana (za dokaz termalno dimorfnih gljiva).

Uzorak aspirata bronha i bronhoalveolarnog lavata (bal)

Uzorak aspirata bronha i bronhoalveolarnog lavata za mikobakteriološku pretragu

  • treba poslati što veću količinu uzorka uz što manji sadržaj anestetika koji može spriječiti rast mikobakterija;
  • uzorak treba što prije dostaviti u laboratorij ili ga treba pohraniti do dostave na +4ºC;
  • rezultat izravne dijagnostike tuberkuloze (mikroskopija i molekularna dijagnostika) dostupan je za 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Uzorak aspirata bronha i bronhoalveolarnog lavata za mikološku pretragu

  • treba poslati što veću količinu uzorka;
  • uzorak treba odmah po uzimanju dostaviti u laboratorij ili ga treba pohraniti do dostave na + 4ºC;
  • rezultat izravne dijagnostike (mikroskopija)  plućne mikoze (i pneumocistoze) dostupan je za 24 sata;
  • rezultati izolacije i identifikacije gljiva dostupan je za 3-7 dana.

Želučani aspirat / lavat

Uzorak želučanog  aspirata/lavata za mikobakteriološku pretragu

  • uzorak se najčešće uzima djeci koja ne mogu dati iskašljaj niti nakon inhalacije aerosola;
  • poterbno je aspirirati 50 mL želučanog sadržaja rano ujutro dok bolesnik još leži u krevetu, nakon mirovanja od najmanje 8-10 sati;
  • odmah po uzimanju uzorak treba neutralizirati otopinom Na2HPO4  (na 35-50 mL lavata dodati 1,5 mL 40% Na2HPO4);
  • rezultat izravne dijagnostike tuberkuloze (mikroskopija i molekularna dijagnostika) dostupan je za 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28.

Uzorci pleuralne, peritonejske i zglobne tekućine

Uzorci pleuralne, peritonejske i zglobne tekućine za bakteriološku i mikološku dijagnostiku

  • najmanje 1 mL uzorka (u sterilnoj epruveti s čepom na navoj) treba poslati odmah u laboratorij;
  • ako to nije moguće uzorak treba pohraniti na +4ºC i dostaviti u laboratorij unutar 24 sata od uzimanja;
  • rezultati izravne dijagnostike (mikroskopija i /ili imunodijagnostika) dostupni su za 24 sata;
  • rezultati izolacije i identifikacije aerobnih bakterija i kvasaca dostupni su za 5-7 dana;
  • rezultati izolacije anaerobnih bakterija dostupni su za 12-18 dana;
  • rezultat izravne dijagnostike tuberkuloze (mikroskopija i molekularna dijagnostika) dostupan je za 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Obrisak spojnice oka

Obrisak spojnice oka za bakteriološku, virološku i mikološku pretragu

  • ako nema dovoljno eksudata (spojnica je suha) prije uzimanja obriska, obrisak (drveni štapić s vatom) treba umočiti u transportni medij ili sterilnu fiziološku otopinu;
  • treba dobro obrisati spojnicu donje vjeđe i forniksa od vanjskog prema unutarnjem kutu oka;
  • ako treba uzeti obrisak spojnice oba oka, za svako oko treba koristiti poseban bris i dostaviti u laboratorij odvojeno, svakog u svojem sterilnom kontejneru;
  • uzorci se mogu uzeti u laboratorijima Službe za mikrobiologiju Zavoda ili mogu biti uzeti u ambulantama;
  • obriske treba dostaviti u laboratorij što prije, najbolje u roku od dva sata;
  • ako to nije moguće obriske u transportnoj podlozi treba dostaviti tijekom 24 sata. Uzorke za bakteriološku i mikološku pretragu treba dostaviti u torbi na 20-25ºC, a uzorke za virološku pretragu u termosici na +4°C;
  • za dokaz trahoma preporučujemo uzimanje obrisaka spojnice oka u laboratorijima Službe za mikrobiogiju ili prema dogovoru s liječnikom mikrobiologom;
  • rezultati bakteriološke pretrage dostupni su za 4 dana (gram-pozitivne i gram-negativne bakterijske vrste), a do 7 dana (klamidije);
  • rezultati mikološke pretrage dostupni su za 5-7 dana;
  • rezultati virološke pretrage dostupni su za 24 sata.

Uzorak strugotine rožnice

Uzorak strugotine rožnice za parazitološku pretragu

  • za dokaz amebnog keratitisa treba uzeti strugotinu (abrazivni materijal) rožnice, staviti u 1 mL Pageove ili sterilne fiziološke otopine i dostaviti što prije u laboratorij;
  • preporučujemo prethodno kontaktirati liječnika mikrobiologa radi pripreme podloge;
  • preporučujemo uzorak uzeti  u parazitološkom laboratoriju uz prethodni dogovor;
  • rezultati parazitološke pretrage dostupni su za  1-14 dana.

Uzorak strugotine rožnice za mikološku pretragu

  • za dokaz gljivične infekcije rožnice (keratomikoze) treba uzeti strugotinu rožnice, staviti u 1 mL sterilne fiziološke otopine i dostaviti što prije u laboratorij (za izolaciju gljiva);
  • preporučuje se strugotine rožnice pohraniti  u sterilnu epruvetu te odmah dostaviti u laboratorij (radi izrade mikroskopskih preparata);
  • rezultat izravne dijagnostike (mikroskopija) keratomikoze dostupan je za 24 sata;
  • rezultati izolacije i identifikacije gljiva dostupni su za 5-7 dana.

Uzorci iz rane, ulkusa, apscesa i dekubitusa

Uzorci iz rane, ulkusa, apscesa i dekubitusa za bakteriološku i  mikološku  pretragu

  • ranu, ulkus, apsces i dekubitus treba očistiti sterilnom fiziološkom otopinom, a okolnu kožu sa 76%-tnim alkoholom;
  • kruste i nekrotično tkivo treba odstraniti;
  • uzorak treba uzeti s odgovarajućeg mjesta – s ruba rane, uz stijenke apscesa;
  • za dokaz uzročnika može se koristiti aspirat, komadići tkiva ili stijenke apscesa. Obrisak centra rane ima najmanju dijagnostičku vrijednost;
  • uzorke treba dostaviti odmah u laboratorij;
  • ako to nije moguće uzorak treba pohraniti u  Stuartov transportni medij na sobnu tempera-turu (20-25°C) i dostaviti u laboratorij u roku od 24 sata;
  • na uputnici treba navesti vrstu uzorka, anatomsko mjesto odakle je uzorak uzet,  antimikrobnu terapiju i druge važne podatke o bolesniku (npr. diabetes mellitus, bolesti imunološkog sustava, liječenje kortikosteroidima i dr.);
  • na uputnici treba navesti koja se pretraga traži (npr. izolacija aerobnih i/ili anaerobnih bakterija, izolacija kvasaca, dokaz MRSA);
  • rezultati izolacije i identifikacije aerobnih bakterija i kvasaca dostupni su za 3-7 dana a anaerobnih bakterija za 12-18 dan.

Uzorci iz ulkusa za parazitološku pretragu

  • za pretragu na uzročnika kožne lišmanioze uzima se punktat zdravog ruba lezije. Injekcijskom iglom sa špricom u kojoj se nalazi 1 mL sterilne fiziološke ubode se u zdravi rub lezije, nekoliko puta zarotira iglom, uštrca fiziološka otopina  i odmah aspirira. Dobiveni se uzorak odmah ucijepi u hranilište. Preporučujemo ovaj postupak načiniti u Parazitološkom laboratoriju Zavoda;
  • može se uzeti bioptički materijal sa zdravog ruba kožne promjene, staviti u 1 mL sterilne fiziološke otopine i dostaviti odmah u laboratorij.

Bioptički uzorak tkiva

Bioptički uzorak tkiva za bakteriološku, mikološku, virološku i parazitološku pretragu

  • bioptat treba staviti u sterilnu fiziološku otopinu i odmah dostaviti u laboratorij;
  • bioptički uzorak i aspirat za dijagnozu kožne lišmenioze preporučamo oduzeti u parazitološkom laboratoriju HZJZ;
  • rezultati izravne dijagnostike (mikroskopije)  dostupni su za 24 sata;
  • rezultati izolacije i identifikacije uzročnika dostupni su za 2-21 dan.

Uzorci za serološke pretrage

Uzorak seruma ili krvi

  • uzeti 3-5 mL krvi (10 mL ukoliko se traži više pretraga) natašte i bez antikoagulansa;
  • u laboratorij može biti dostavljen uzorak krvi ili seruma;
  • uzorak seruma može biti pohranjen nekoliko tjedana na +4-8°C, a na –18°C i mnogo duže;
  • uzorak krvi ne smije biti zamrznut jer nastupa hemoliza te je takav uzorak neupotrebljiv za serološko testiranje;
  • hilozan, hemoliziran ili zagađen uzorak seruma nije pogodan za serološke pretrage;
  • radi utvrđivanja dinamike protutijela treba uzeti parni serum u roku od 2-3 tjedna, a u bolesnika sa sumnjom na lymsku boreliozu  4-6 tjedana nakon prvog seruma;
  • rezultat seroloških pretraga dostupni su za 2-15 dana.

Uzorak cerebrospinalnog likvora

  • uzorak likvora može biti ponekad korišten za serološke pretrage;
  • uzorak likvora ne smije biti hemoragičan, a testira se usporedno s uzorkom seruma istog bolesnika;
  • pohranjuje se na isti način kao i uzorak seruma;
  • rezultat seroloških pretraga dostupni su za 2-15 dana.

Uzorci drugih tjelesnih tekućina

  • uzorci ostalih tjelesnih tekućina (npr. očna vodica) koriste se iznimno za serološke pretrage usporedno sa serumom  istog bolesnika.

Krv za hemokulturu

Uzorak krvi (hemokultura) za bakteriološku i mikološku pretragu

  • uzorak krvi treba uzeti venepunkcijom u trenutku porasta tjelesne temperature u pravilu prije početka antibiotičke terapije;
  • nije preporučljivo uzimati uzorak krv iz intravenskog katetera;
  • uzorak krvi treba odmah uz bolesnički krevet ucijepiti u tekuće hranilište za kultivaciju aerobnih bakterija i gljiva (aerobno hranilište) i anaerobnih bakterija (anaerobno hranilište) prema uputi proizvođača hranilišta;
  • uzorke krvi za hemokulturu treba uzeti  2-3 puta tijekom 24 sata;
  • količina uzorka krvi: 3-10 mL krvi odrasle osobe u svaku bočicu;
  • količina uzorka krvi:1-3 mL krvi djece u svaku bočicu;
  • ucijepljena hranilišta (hemokulture) treba odmah dostaviti u laboratorij, a ako to nije moguće, hemokulture treba pohraniti u termostat na 37°C kroz 20 sati. Ako dostava niti tada nije moguća, hemokulture mogu biti pohranjene najduže 48 sati na 22-25°C i tada dostavljene u laboratorij u termos boci na istoj temperaturi;
  • za dokaz tuberkuloze treba uzeti 5-10 mL krvi u sterilnu epruvetu s čepom na navoj i dodati heparin (0,2 mg/mL) ili 1,5 mL 0,35% otopine natrijevog polietanol sulfata (SPS) na 8,5 mL krvi  da se spriječi grušanje krvi. Moguće je uzorak krvi odmah po uzimanju ucijepiti u komercijalno dostupne medije sa saponinom “Isolator tube” (Oxoid);
  • rezultati izolacije i identifikacije aerobnih bakterija dostupni su za 2-5 dana;
  • rezultati izolacije i identifikacije anaerobnih bakterija dostupni su za 12-18 dana;
  • rezultati izolacije i identifikacije gljiva (kvasaca i nekih vrsta plijesni) dostupni su za 3-7 dana;
  • izravni dokaz Mycobacterium tuberculosis (mikroskopija i molekularna dijagnostika) traje 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Uzorak krvi za izradu preparata

Uzorak krvi za parazitološku pretragu

  • za dokaz malarije treba uzeti jednu (za izradu preparata krvnog razmaza) i 2-3 kapi krvi (za izradu preparata guste kapi) iz jagodice prsta bolesnika;
  • za izradu preparata krvnog razmaza: jednu kap krvi kapnuti na rub čistog predmetnog stakalca (veličina 26×76 mm) a drugim stakalcem položenim pod kutem od 45º razvući kap krvi u jednom potezu. Osušiti na zraku i poslati u laboratorij.
  • za izradu preparata guste kapi: na sredinu  predmetnog stakalca kapnuti 2-3 kapi krvi i vrhom drugog stakalca spojiti kapi u krug promjera 1,0 cm. Osušiti na zraku i poslati u laboratorij.
  • za dokaz filarioze treba uzeti uzorke krvi za izradu preparata krvnog razmaza i guste kapi uzimajući u obzir periodično pojavljivanje mikrofilarija u krvnoj cirkulaciji (dnevno-noćni ritam). Zbog potrebe dodatnih pretraga krvi i tkiva u bolesnika oboljelih od filarioze preporučujemo konzultiranje liječnika mikrobiologa u Parazitološkom laboratoriju Zavoda;
  • rezultati parazitoloških preraga krvi dostupni su u roku 24 sata.

Uzorak koštane srži

Uzorak koštane srži za mikobakteriološku pretragu

  • treba aspirirati najmanje 0,5 mL koštane srži u sterilnu epruvetu sa čepom na navoj i dodati heparin (0,2 mg/mL);
  • uzorak aspirata koštane srži može se odmah po uzimanju ucijepiti u komercijalno dostupni medij sa saponinom “Isolator tube” (Oxoid);
  • uzorak treba odmah dostaviti u laboratorij ili pohraniti na +4ºC;
  • rezultat izravne dijagnostike tuberkuloze (mikroskopija i molekularna dijagnostika) dostupan je za 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Uzorak koštane srži za mikološku pretragu

  • treba aspirirati najmanje 0,5 mL koštane srži u sterilnu epruvetu sa čepom na navoj i dodati heparin (0,2 mg/mL);
  • uzorak treba odmah dostaviti u laboratorij;
  • koštana srž najpogodniji je uzorak kliničkog materijala za dokaz histoplazmoze;
  • rezultat izravne dijagnostike (mikroskopija) histoplazmoze dostupan je za 24 sata;
  • rezultat kultivacije histoplazme dostupan je za 7-28 dana.

Uzorak koštane srži za parazitološku pretragu (na lišmaniozu)

  • treba aspirirati 1-2 mL koštane srži u sterilnu epruvetu  s antikoagulansom;
  • uzorak treba odmah dostaviti u laboratorij;
  • preporučujemo uzorak koštane srži za kultivaciju odmah kod vađenja ucijepiti u hranilište «Tobie» prethodno naručeno u parazitološkom laboratoriju HZJZ-a, slijedeći pri tom priloženu uputu;
  • koštana srž najpogodniji je uzorak kliničkog materijala za dokaz visceralne lišmenioze (kala azar);
  • rezultat izravne dijagnostike (mikroskopija) lišmenioze dostupan je za 24 sata;
  • rezultat kultivacije lišmenija dostupan je za 2-21 dana.

Cerebrospinalni likvor

Uzorak likvora za bakteriološku i mikološku pretragu

  • uzorak likvora treba uzeti u bolničkoj ustanovi;
  • za bakteriološku pretragu uzorka likvora potreban je 1 mL likvora;
  • za mikološku pretagu uzorka likvora potrebna su 2 mL likvora;
  • uzorak likvora treba dostaviti u sterilnoj posudici u roku od 2 sata u termos boci na 20-37°C;
  • pri sumnji na gnojni meningoencefalitis treba uzeti i uzorke krvi za hemokulturu;
  • rezultat izravne dijagnostike (mikroskopije i molekularne dijagnostike) tuberkuloze dostupan je za 24 sata;
  • kultivacija mikobakterija traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti mikobakterija na antituberkulostatike traje 7-28 dana;
  • dijagnostika gnojnog meningitisa uzrokovanog drugim bakterijskim vrstama traje 2-3 dana;
  • rezultat izravne dijagnostike gljivičnog meningoencefalitisa (tuš preparat i imunodijagnostika) dostupan je za nekoliko sati;
  • kultivacija gljivičnih uzročnika meningoencefalitisa traje od 3-7 dana (ovisno o vrsti očekivanog gljivičnog uzročnika i do 28 dana).

Uzorak likvora  za virološku pretragu

  • uzorak likvora treba uzeti u bolničkoj ustanovi;
  • za virološku pretragu uzorka likvora potreban je najmanje 1 mL likvora;
  • uzorak likvora treba dostaviti u laboratorij  u roku od 2 sata;
  • uzorak likvora može biti pohranjen na +4ºC najduže tijekom 48 sati;
  • uzorak likvora može biti pohranjen na -70°C neograničeno dugo;
  • uzorak likvora ne smije biti pohranjen na –18°C (kućna ledenica);
  • zamrznuti uzorak likvora treba dostaviti u laboratorij na ledu u termos boci;
  • rezultati virološke pretrage dostupni su za 2-14 dana.

Urin (mokraća)

Uzorak mokraće za bakteriološku i mikološku pretragu

  • treba uzeti srednji mlaz prve jutarnje mokraće;
  • prije uzimanja uzorka mokraće potrebno je oprati vanjsko spolovilo toplom vodom i  sapunom, te osušiti papirnatom maramicom. Ukoliko pranje spolovila nije moguće preporučuje se sljedeći postupak:

u  žena:

  1. raširiti čistim prstima velike usne spolovila
  2. obrisati vanjsko spolovilo s 3-4 vlažne papirnate maramice povlačeći od naprijed prema nazad
  3. ispustiti prvi mlaz mokraće u toalet.
  4. izmokriti oko 50 mL mokraće u neprekinutom mlazu u sterilnu posudicu.
  5. čvrsto zatvoriti posudicu poklopcem ne dotičući ga prstima s unutrašnje strane

u muškaraca:

  1. povući čistim prstima kožni nabor spolovila
  2. obrisati vrh spolovila čistom, vlažnom papirnatom maramicom
  3. ispustiti prvi mlaz mokraće u toalet.
  4. izmokriti (drugi mlaz) oko 50 mL. mokraće u neprekinutom mlazu u sterilnu posudicu
  5. čvrsto zatvoriti posudicu poklopcem ne dotičući ga prstima s unutašnje strane
  • uzorak mokraće treba dostaviti u laboratorij u roku od dva sata;
  • ukoliko to nije moguće uzorak treba pohraniti na  +4°C i dostaviti u laboratorij  najkasnije unutar 24 sata od uzimanja uzorka;
  • postupak uzimanja uzorka mokraće za dokaz infekcije mikoplazmama, ureaplazmama i klamidijama isti je kao i za standardnu bakteriološku i mikološku pretragu mokraće, osim što je potrebno uzeti prvi mlaz prve jutarnje mokraće;
  • postupak uzimanja uzorka mokraće za dokaz tuberkuloze isti je kao i za standardnu bakteriološku i mikološku pretragu mokraće osim što je potrebno uzeti više uzoraka tijekom 3 do 5 dana;
  • uzorak mokraće za izolaciju anaerobnih bakterija treba uzeti suprapubičnom punkcijom;
  • rezultati standardne bakteriološke i mikološke pretrage dostupni su za 3-7 dana;
  • rezultati izolacije i identifikacije mikoplazma i ureaplazma dostupni su za 10 dana;
  • rezultati pretrage na Chlamydia trachomatis PCR-metodom dostupni su za 1-2 dana;
  • rezultati izolacije i identifikacije anaerobnih bakterija dostupni su za 8-14 dana;
  • izravna pretraga za dokaz Mycobacterium tuberculosis (mikroskopija i molekularna dijagnostika) traje 24 sata;
  • kultivacija  Mycobacterium tuberculosis traje do 6 tjedana;
  • ispitivanje osjetljivosti Mycobacterium tuberculosis na antituberkulostatike traje 7-28 dana.

Uzorak mokraće za virološku pretragu

  • postupak uzimanja uzorka mokraće je isti kao i za standardnu bakteriološku i mikološku pretragu mokraće, osim što je potrebno uzeti prvi mlaz prve jutarnje mokraće;
  • rezultati virološke pretrage dostupni su za 3-14 dana.

Uzorak mokraće za parazitološku pretragu

  • za dokaz trihomonoze treba uzeti prvi mlaz prve jutarnje mokraće i dostaviti ga u laboratorij u roku od 2 sata na temperaturi od 30-37ºC (u džepu uz tijelo u dobro zatvorenoj sterilnoj posudici);
  • rezultat parazitološke dijagnostike trihomonoze dostupan je za 3 dana;
  • za dokaz shistosomoze treba uzeti zadnji mlaz prve jutarnje mokraće i dostaviti u laboratorij najkasnije za 48 sati;
  • rezultat parazitološke dijagnostike shistosomoze dostupan je za 24 sata.

Obrisak cerviksa, vagine i uretre, ejakulat – eksprimat

Uzorci spolnomokraćnog sustava ŽENA za bakteriološku, mikološku i parazitološku pretragu

  • obriske (cerviksa, vagine i uretre) iz spolnomokraćnog sustava žena uzima ginekolog i pohranjuje u odgovarajući transportni medij za izolaciju bakterija (npr. Stuartov medij, Amiesov medij, medij za klamidije) i parazita – trihomonasa (npr. Diamondov medij). Za izolaciju kvasaca nije potrebno obriske slati u transportnom mediju;
  • uzorke za bakteriološku i mikološku pretragu treba dostaviti u laboratorij u roku od 2 sata ili najkasnije unutar 24 sata od uzimanja ako su pohranjeni na + 4ºC do dostave;
  • uzorke za parazitološku pretragu treba poslati u laboratorij tijekom 2 sata od uzimanja i kroz to vrijeme moraju biti pohranjeni na 30-37º (npr. u džepu uz tijelo ili u prijenosnom termostatu). Uzorci ne smiju biti pohranjeni na sobnoj temperaturi ili na temperaturi hladnjaka (+4ºC);
  • pretraga na mikoplazme traje 2-6 dana;
  • pretraga na trihomonas traje 3-4 dana;
  • pretraga na kvasce traje 3-7 dana;
  • pretraga na gardnerelu, gonokok i druge aerobne bakterije traje 7-10 dana;
  • pretraga na klamidije PCR-metodom traje 1-2 dana (Chlamydia trachomatis);
  • za izolaciju anaerobnih bakterija koriste se bioptički uzorci, punktati i intraoperativno uzeti uzorci, a pretraga traje 12-18 dana.

Uzorci spolnomokraćnog sustava MUŠKARACA za bakteriološku, mikološku i parazitološku pretragu

  • obrisak uretre može uzeti liječnik u prijemnoj ambulanti Službe za mikrobiologiju Zavoda ili ordinarijus;
  • bolesnik ne bi smio mokriti bar 4 sata prije uzimanja uzorka;
  • obrisak uretre za bakteriološku i parazitološku pretragu treba pohraniti u transportni medij (npr. Stuartov, Amiesov medij, za klamidije, za trihomonas) i dostaviti u laboratorij u roku od 2-4 sata;
  • obrisak uretre za mikološku pretragu ne treba pohraniti u transportni medij do dostave u laboratorij;
  • pretraga na mikoplazme traje 2-6 dana;
  • pretraga na trihomonas traje 3-4 dana;
  • pretraga na kvasce traje 3-7 dana;
  • pretraga na gardnerelu, gonokok i druge aerobne bakterije traje 7-10 dana;
  • pretraga na klamidije PCR-metodom traje 1-2 dana (Chlamydia trachomatis);
  • uzorak ejakulata može se dati u Zavodu ili može biti dostavljen u sterilnoj plastičnoj posudici najkasnije 2 sata od uzimanja;
  • za dokaz trihomonijaze uzorak ejakulata treba dostaviti na temperaturi od 30-37ºC (u džepu uz tijelo ili u pokretnom termostatu);
  • pretraga na mikoplazme i druge bakterije traje 2-6 dana;
  • pretraga na trihomonas traje 3-4 dana;
  • pretraga na kvasce traje 3-7 dana;
  • u bolesnika s kroničnom infekcijom spolnomokraćnog sustava može se za dokaz klamidija koristiti i uzorak ejakulata ili eksprimata prostate;
  • eksprimat prostate uzima liječnik u Urološkoj ambulanti Klinike za infektivne bolesti «Dr. Fran Mihaljević» u Zagrebu, a uzorak treba dostaviti u laboratorije Zavoda unutar 1-2 sata od uzimanja;
  • rezultat pretraga na klamidije iz ovih uzoraka traje 1-2 dana.

Upute za uzimanje uzoraka noktiju, kože i dlaka za mikološku obradu:

  •  Bolesnik ne smije 5 dana prije uzimanja uzoraka za mikološku dijagnostiku tretirati oboljelo područje pripravcima koji sadrže antimikotike (lijekove za liječenje gljivičnih infekcija). Na dan uzimanja uzorka koža ne smije biti tretirana kozmetičkim preparatima i šminkom, a nokti ne smiju biti lakirani.