Popis mikrobioloških pretraga

Hrvatski zavod za javno zdravstvo provodi 

Bakteriološke pretrage

Virološke pretrage

Parazitološke pretrage

Mikološke pretrage

 

Bakteriološke pretrage

1.   Metode izravne bakteriološke dijagnostike

a) Izolacija i identifikacija patogenih bakterija

  • iz uzoraka stolice
  • iz uzoraka dišnog sustava
  • iz uzoraka spolnomokraćnog sustava
  • iz uzoraka aspirata, punktata, rana i dr.
  • pleuralni punktat, različiti drugi bioptati

Ako se sumnja na bakterije koje se rjeđe pojavljuju kao uzročnici infektivnih stanja kao što su Listeria, Clostridium, Bordetella, Mycoplasma pneumoniae, Corynebacterium diphtheriae, Bacillus anthracis, Neisseria meningitidis,Vibrio cholerae, Legionella pneumophila i druge, molimo da se posebno naznači na uputnici.

b) Dokaz antigena patogenih vrsta bakterija imunodijagnostičkim pretragama

  • detekcija antigena Helicobacter pylori imunokromatografskim testom u stolici

c)  Dokaz nukleinskih kiselina PCR-metodom

  • Chlamydia trachomatis
  • Chlamydia pneumoniae
  • Mycoplasma pneumoniae
  • Legionella pneumophila
  • Neisseria meningitidis (A, B, C, Y, W135)
  • Neisseria gonorrhoeae
  • Ureaplasma spp.
  • Mycoplasma genitalium
  • Borrelia burgdorferi
  • Leptospira interrogans
  • Bordetella pertussis

d)  Ispitivanje osjetljivosti bakterijskih izolata na antibiotike difuzijskom metodom

  • antibiogram

e)  Automatizirana identifikacija i testiranje osjetiljivosti bakterija i kvasaca

f)  Bakteriološka obrada uzoraka različitih materijala u cilju nadzora nad bolničkim infekcijama

  • uzorci vode za hemodijalizu
  • uzorci dijalizata
  • uzorci nežive okoline (obrisci površina i medicinskih pomagala)
  • uzorci uzeti osoblju u jedinicama intenzivne njege i operacijskim jedinicama
    (npr. obrisci ruku, ždrijela, nosa, nazofarinksa, aksila)

g)  Biološka kontrola postupka sterilizacije provedene suhim sterilizatorom i/ili autoklavom

2.   Metode neizravne bakteriološke dijagnostikeSEROLOŠKE PRETRAGE za dokaz protutijela na bakterijske antigene u serumu bolesnika

  • Beta-hemolitički streptokoki:
    AST-O – Antistreptolizinski titar  (nefelometrija)
    ADNB – Antistrepto-DN-aza B  (ND)
  • Staphylococcus aureus – ASTA – Antistafilolizinski titar (latex- AG)
  • Bordetella pertussis (EIA)
  • Bordetella parapertussis  (EIA)
  • Borrelia burgdorferi (Lyme) (IFA, EIA, WB)
  • Francisella tularensis (tularemija) (AG)
  • Legionella pneumophila (IFA)
  • Leptospira interrogans (AG-LY)
  • Listeria monocytogenes (IFA)
  • Sifilis, lues
    VDRL (RPR)
  • Treponema pallidum (TPHA, EIA)
  • salmoneloza (AG-aglutinacija po Widalu)
  • bruceloza (AG-aglutinacija po Wrightu)
  • šigeloza (AG)
  • jersinije (AG)
  • Helicobacter pylori  (EIA IgA i IgG)
  • Mycoplasma pneumoniae (EIA IgM, IgG i IgA)
  • Chlamydophila pneumoniae (IFA IgA i IgG)
  • Chlamydophila (IFA IgA i IgG)
  • Chlamydia trachomatis (IFA IgA i IgG)
  • Coxiella burnetii (IFA IgM i IgG)
  • Rickettsia typhi (murini tifus) (IFA IgM i IgG)
  • Rickettsia conorii (mediteranska pjegava groznica) (IFA IgM i IgG)

Legenda:
EIA – enzimski imuno test
AG – aglutinacija
AG-LY – aglutinacija liza
IFA – indirektni imunofluorescentni test
WB – Western blott
TPHA – Treponema pallidum hemaglutinacija
RPR – rapid plazma reagin (odgovara VDRL testu)
IH – inhibicija hemolize
Lateks-AG – lateks aglutinacija

3. Pretrage za dokaz uzročnika iz roda Mycobacterium (uzročnici tuberkuloze i netuberkulozne mikobakterije)

  • Direktna mikroskopija uzoraka na prisutnost acidorezistentnih bacila
  • Kultivacija uzoraka na krutim i tekućim podlogama
  • Identifikacija vrsta unutar roda Mycobacterium
  • Fenotipske i molekularne metode detekcije rezistencije M. tuberculosis na antituberkulotike
  • Real-time PCR (GeneXpert)
  • Quantiferonski test
  • Molekularna genotipizacija (MIRU-VNTR)

Virološke pretrage

1.  Metode izravne virološke dijagnostike 

a) Izolacija virusa iz raznih kliničkih materijala

  • Poliovirusi, Enterovirusi, Echovirus, Coxsackievirus
  • Parechovirus
  • HSV (Herpes simplex virus) tip 1/tip 2
  • Influenca virus tip A/tip B
  • Virus zaušnjaka (v. mumpsa)
  • Virus ospica (v. morbila)
  • Adenovirusi
  • Cytomegalovirus (CMV)

b) Direktni dokaz antigena u različitim kliničkim materijalima

  • stolica – Norovirusi, Astrovirus, Rotavirus, Adenovirusi
  • uzorci iz dišnog sustava i oka – Influenca A i B virus, Parainfluenca 1, 2 i 3 virus, Adenovirusi, RSV, Humani metapneumovirus
  • obrisak kožne promjene – Varicella zoster virus (VZV)

c) Dijagnostika virusa u pitkoj i otpadnoj vodi

  • Polio virusi
  • Echo virusi
  • Coxackie virusi
  • Enterovirusi
  • Hepatitis A virus
  • Rotavirus
  • Norovirusi

d) Dokaz nukleinskih kiselina PCR-metodom

  • Influenza virus tip A
  • Influenza virus podtip A/H1, A/H3, A/H5, A/H7, A/H1pdm09
  • Influenca virus tip B – Victoria-linija
  • MERS, Coronavirus
  • Virus zaušnjaka (v. mumpsa)
  • Virus ospica (v. morbila)
  • RSV tip A/tip B
  • hMPV
  • Cytomegalovirus (CMV)
  • Enterovirusi (Poliovirusi, ECHO virusi, Coxsackie virus)
  • Hepatitis A virus
  • Virus rubele
  • Virus krpeljnog meningoencefalitisa (KME, TBEV)
  • Virus dengue
  • Virus Zapadnog Nila  (WNV)
  • Zika virus
  • Epstein-Barr virus (EBV)
  • Herpes virus tip 1/tip 2 (HSV)
  • Norovirusi
  • HPV

2.   Metode neizravne virološke dijagnostike – SEROLOŠKE PRETRAGE za dokaz protutijela na virusne antigene u serumu bolesnika

  • Virus krpeljnog encefalitisa (EIA IgM i IgG, IgG aviditet)
  • Virus limfocitnog koriomeningitisa (u tijeku uvođenje dijagnostike)
  • Polio virus 1-3 (EIA IgG)
  • ECHO virusi (IFA IgM i IgG)
  • Coxsackie virusi (IFA IgM i IgG)
  • Virus zaušnjaka (v. mumpsa) (IFA IgM i IgG)
  • Herpes simplex virus 1, 2 (EIA IgM i IgG, WB IgM i IgG)
  • Adenovirusi (EIA IgM i IgG)
  • Virus influence A, B (EIA IgM i IgG)
  • Virus parainfluence (EIA IgM i IgG)
  • Respiratorni sincicijski virus (EIA IgM i IgG)
  • Virus morbila (EIA IgM i IgG, IFA IgM i IgG)
  • Virus rubele (EIA IgM i IgG, IgG aviditet)
  • Varicella zoster virus (EIA IgM, IgG i IgA, IgG aviditet)
  • Cytomegalovirus (EIA IgM i IgG, IgG aviditet)
  • Epstein-Barr virus (EIA IgM i IgG, IgG aviditet, IFA EA, IFA EBNA)
  • Hantavirusi: Puumala, Dobrava, Hantaan, Saaremaa, Seoul (hemoragijska groznica s bubrežnim sindromom) (IFA IgM i IgG)
  • West Nile virus (EIA IgM i IgG, IgG aviditet)
  • Dengue virus (EIA IgM i IgG)
  • Usutu virus (EIA IgG)
  • Virus papataci groznice (Sicilijanski, napuljski, Toscana) (IFA IgM i IgG)
  • Zika virus (EIA IgM i IgG)
  • Chikungunya virus (IFA IgM, IgG)
  • Arbovirus mosaic: dengue, Zika, chikungunya virus (IFA IgM, IgG)
  • HIV p24; anti HIV-1/2 (ELFA)
  • Virus hepatitisa B: HBsAg, anti-HBs, anti-HBc, anti-HBc IgM, HBeAg, anti-HBe (ELFA)
  • Virus hepatitisa C: anti-HCV (ELFA)
  • Virus hepatitisa A: anti-HAV, anti-HAV IgM (ELFA)

Legenda:

EIA – imunoenzimski test
IFA – indirektni imunofluorescentni test
WB – Western blot
ELFA – imunoenzimski test s fluorescentnom detekcijom

Parazitološke pretrage

1.  Metode izravne parazitološke dijagnostike

a) Dokaz parazitarnih elemenata u kliničkim uzorcima

  • stolica na ciste protozoa  i jaja helminata (nativni preparat, metode koncentracije, koprokultura)
  • stolica na kokcidije (Cryptosporidium, Cyclospora, Isospora) metode bojenja, autofluorescenca
  • perianalni otisak na Enterobius
  • brisevi genitalnog trakta žena, ejakulat, urin, bris uretre muškarca na Trichomonas vaginalis (nativni preparat, kultivacija, PCR)
  • bioptati i punktati organa na tkivne parazite (nativno, metode bojenja, histološki preparat)
  • detekcija parazita u tjelesnim tekućinama i sekretima (nativno, metode bojenja, histološki preparat, miracidijski test)
  • krvni razmaz i gusta kap na parazite Plasmodium falciparum, vivax, ovale, malariae, knowlesi, Babesia, Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi, mikrofilarije
  • kultivacija  protozoa (Leishmania, Trihomonas, Entamoeba histolytica, slobodno živuće amebe – Acanthamoeba spp, Naegleria fowleri, Balamuthia mandrilaris)
  • makroskopska i mikroskopska determinacija helminata i artropoda

b) Dokaz antigena parazita

  • Entamoeba histolytica u stolici (EIA)
  • Cryptosporidium sp. u stolici (EIA)
  • Giardia lamblia (EIA)
  • Plasmodium falciparum (IC)

c) Dokaz nukleinskih kiselina PCR metodom

  • Trichomonas vaginalis
  • Toxoplasma gondii
  • Leishmania sp.
  • Acanthamoeba

2.   Metode neizravne parazitološke dijagnostike – SEROLOŠKE PRETRAGE za dokaz protutijela na parazitarne antigene u serumu bolesnika na:

  • toksoplazmozu (ELFA IgM, IgG, EIA IgA; ELFA AV IgG, ISAGA IgM, IgA IGg, WB komparativni IgG-IgM)
  • ehinokokozu (EIA, WB)
  • cisticerkozu – Taenia solium (EIA, WB)
  • lišmaniozu (IFA, EIA, WB)
  • malariju (IFA)
  • toksokarozu (EIA, WB)
  • trihinelozu (EIA, WB)
  • amebijazu (IFA, EIA)
  • strongiloidozu (EIA)
  • askariozu (EIA)
  • fasciolozu (EIA; WB)
  • šistosomozu (EIA)
  • američku tripanosomozu (EIA)

Legenda:
IFA –  indirektni imunofluorescentni test
IC – imunokromatografski test
EIA – imunoenzimski test
ELFA- enzimsko fluorescentni test
ISAGA – imunosorbentni test
AV IgG – test avidnosti IgG protutijela (razlikovanje svježe i starije infekcije)
WB – Western blot

Mikološke pretrage

1.  Metode izravne mikološke dijagnostike

  • Dokaz kapsularnog antigena vrste Cryptococcus neoformans u uzorcima tjelesnih tekućina metodom lateks aglutinacije ( LA)
  • Izolacija i identifikacija gljiva (kvasaca i plijesni) iz uzoraka različitih kliničkih materijala metodom kultivacije na hranjivim podlogama i određivanjem biokemijskih svojstava
  • Ispitivanje osjetljivosti izolata kvasaca i plijesni na antimikotike difuzijskom metodom (E-test)
  • Ispitivanje osjetljivosti izolata kvasaca na antimikotike  metodom dilucije
  • Identifikacija sojeva (kvasaca i plijesni) i određivanje testa osjetljivosti izoliranih u drugim mikrobiološkim laboratorijima)
  • Dijagnostika Pneumocystis jiroveci PCR-metodom
  • Dijagnostika dermatofita metodom direktnog mikroskopiranja i metodom kultivacije na hranjivoj podlozi
  • Dijagnostika gljiva iz uzoraka nežive okoline

2.   Metode neizravne mikološke dijagnostike – SEROLOŠKE PRETRAGE za dokaz protutijela na gljivične antigene u serumu bolesnika

  • serološke pretrage na kandidu (IHA i EIA)
  • serološke pretrage na sustavnu aspergilozu (EIA)
  • serološke pretrage na sustavnu kriptokokozu (EIA)

Legenda:
IHA – indirektna hemaglutinacija
EIA – enzimski imunoesej
LA – lateks aglutinacija