Odjel za bakteriološku dijagnostiku bavi se dijagnostikom bakterijskih patogena od javnozdravstvenog značaja. Odjel za bakteriologiju bavi se i problemom antimikrobne rezistencije u izvanbolničkoj populaciji te praćenjem rezistencije bakterijskih izolata na nacionalnoj razini u programu Akademije medicinskih znanosti Republike Hrvatske i Odbora za praćenje rezistencije pri Ministarstvu zdravstva.
Odjel sudjeluje u radu nekoliko povjerenstava za bolničke infekcije pri bolnicama u Hrvatskoj u cilju praćenja i suzbijanja bolničkih infekcija. Predstavnici Odjela sudjeluju u radu Interdisciplinarne sekcije za kontrolu rezistencije na antibiotike (ISKRA) pri Ministarstvu zdravstva.
U Odjelu se provode i istraživanja koja omogućuju ispitivanje najnovijih molekularnih metoda i identifikaciju i tipiziranje patogena.
Odjel provodi i trajno usavršavanje u vidu radionica, tečajeva i ostalih oblika edukacije.
Sastavni dio Odjela za bakteriologiju su sljedeći odsjeci:
- za bakteriološku dijagnostiku respiratornih infekcija
- za bakteriološku dijagnostiku mokraćno-spolnih infekcija