Laboratorij za dijagnostiku tuberkuloze je nacionalni i supranacionalni laboratorij Svjetske zdravstvene organizacije. Laboratorij obavlja primarnu dijagnostiku tuberkuloze što uključuje mikroskopiju, kultivaciju na krutim i tekućim podlogama, identifikaciju i ispitivanje osjetljivosti M. tuberculosis na antituberkulotike prve i druge linije fenotipskim i molekularnim metodama. U dijagnostici se molekularne metode koriste i za dokaz uzročnika tuberkuloze direktno u kliničkim uzorcima (GeneXpert test). Dokaz latentne infekcije s M. tuberculosis se provodi IGRA testom.
Sukladno zakonskim odredbama potvrđuje se rezistentna tuberkuloza dokazana u drugim laboratorijima te se na nacionalnoj razini genotipiziraju (MIRU VNTR metodom) svi sojevi izolirani kod novootkrivenih bolesnika.
U Odsjeku za netuberkulozne mikobakterije identificiraju se i na nacionalnoj razini prate svi NTM izolati. Identifikacija se obavlja biokemijskim i molekularnim metodama. Radi se procjena značajnosti infekcije s obzirom na vrstu i broj izolata pojedine netuberkulozne mikobakterije. Kod klinički značajnih izolata se dodatno prikupljaju podaci o bolesniku putem „NTM obrazaca“.