Zadaci Službe za javno zdravstvo su praćenje i analiza zdravstvenih pokazatelja za sve dobne skupine stanovništva te praćenje i analiza podataka o resursima u zdravstvu, zdravstvenoj ekonomici i funkcioniranju zdravstvenih sustava i načinu rada zdravstva.
Služba koordinira, stručno usmjerava i nadzire rad zavoda za javno zdravstvo županija u djelatnosti javnog zdravstva te prati pokazatelje vulnerabilnih skupina i predlaže mjere za unapređenje njihovog zdravlja, kvalitete života i izjednačavanje mogućnosti.
U suradnji sa Službom za epidemiologiju se prate demografski i vitalno-statistički pokazatelji. Temeljem navedenog Služba predlaže i sudjeluje u provođenju aktivnosti u cilju zaštite i unapređenja zdravlja, smanjenja pobola, prijevremenog umiranja i patnje vezane uz bolest, kao i racionalizacije u organizaciji i provođenju zdravstvene zaštite.
Služba kroz svoje odjele i odsjeke, a temeljem Zakona o državnoj statistici, godišnjeg Programa statističkih istraživanja te Zakona o hrvatskom registru o osobama s invaliditetom obavlja statistička istraživanja iz područja zdravstva u svrhu praćenja i ocjene zdravstvenog stanja pučanstva, te organizacije i rada zdravstvenih djelatnosti. Odgovorna je za planiranje službenih statističkih istraživanja iz područja zdravstva, njihovo provođenje, prikupljanje i obradu podataka te objavu i diseminaciju rezultata. Rezultati se redovito godišnje objavljuju u Zdravstveno-statističkom ljetopisu Republike Hrvatske i tematskim izvješćima dostupnima na internetskim stranicama Zavoda. Služba na zahtjev dostavlja i dodatne podatke i analize Ministarstvu zdravstva i drugim tijelima državne uprave i lokalne samouprave, zdravstvenim ustanovama, istraživačima, medijima i ostalim zainteresiranima.
Temeljem praćenja i analize zdravstveno-informacijskim sustavom Služba sudjeluje u izradi programa mjera zdravstvene zaštite, zdravstvenih standarda i promicanja zdravlja. Podaci se godišnje dostavljaju međunarodnim organizacijama: Regionalnom uredu Svjetske zdravstvene organizacije u Kopenhagenu, Središnjem uredu Svjetske zdravstvene organizacije u Ženevi, Statističkom uredu EU-a (EUROSTAT), Međunarodnoj organizaciji rada (ILO), Ujedinjenim narodima (UN) te drugim međunarodnim organizacijama.
Služba je i referentno mjesto za dostavljanje parametara o osobama s invaliditetom u UN, sudjeluje u radu Tehničke skupine za zdravstvenu statistiku Eurostata i odgovorna je za kontinuirano usklađivanje statističkih istraživanja iz područja zdravstva sa zahtjevima EU-a.
Spajanjem baze Registra hrvatskih branitelja iz Domovinskog rata s Godišnjom bazom hospitalizacija i ostalim bazama podataka Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo prati se, proučava i izvješćuje o zdravstvenom stanju hrvatskih branitelja iz Domovinskog rata.
