Služba za epidemiologiju zaraznih bolesti je Nacionalni kontakt za provedbu međunarodnih zdravstvenih propisa (International Health Regulations – IHR). Međunarodni zdravstveni propisi objavljeni od strane Svjetske zdravstvene organizacije (SZO) su prihvaćeni i ugrađeni u zdravstvenu regulativu većina zemalja članica SZO, uključujući Hrvatsku. Prema prihvaćenim propisima, zemlje su dužne osigurati sustav koji će omogućiti sprečavanje, pravovremeno otkrivanje i suzbijanje zdravstvenih događaja od međunarodnog značaja, tj. koji predstavljaju međunarodnu zdravstvenu prijetnju. IHR uključuje zdravstveni i nezdravstveni sektor (državnu upravu, civilnu zaštitu, veterinarsku djelatnost, djelatnost kemijske i radiološke zaštite, policiju, inspekciju, pomorski, zračni i kopneni promet), no najaktivniji je u području zaraznih bolesti.
Služba također u svojstvu nacionalnog kompetentnog tijela na razini Europske unije ima zakonsku obvezu surađivati s Europskim sustavom za rano uzbunjivanje i odgovor (Early Warning and Response System – EWRS).
Kao ustanova ovlaštena za provedbu specijalističkog usavršavanja iz epidemiologije, Hrvatski zavod za javno zdravstvo putem ovog Odjela i Službe za epidemiologiju zaraznih bolesti provodi edukaciju specijalizanata iz epidemiologije u dijelu specijalističkog usavršavanja, kao i specijalizanata drugih specijalizacija koje imaju u programu epidemiologiju.