Jačanje nacionalnih WGS i RT-PCR kapaciteta kao odgovor na Covid-19 pandemiju u EU i EEA

U okviru europskog plana pripravnosti za biološke prijetnje povezane s novim varijantama SARS-CoV-2 pod nazivom „inkubator HERA” Republika Hrvatska je dobila priliku osnažiti nacionalne kapacitete za sekvenciranje cijelo

g genoma (WGS od eng. whole genome sequencing) i praćenje varijanti ovog virusa prisutnih na svom području. Kako bismo to postigli, u Hrvatskom zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) smo u sklopu Referentnog centra  Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, pokrenuli proces uspostavljanja laboratorija za sekvenciranje visokog kapaciteta za javnozdravstvene potrebe koje uključuju praćenje epidemija zaraznih bolesti na regionalnoj, nacionalnoj i EU razini te praćenje prekograničnih bolesti i pandemija.

U sklopu projekta pribavljen je uređaj za sekvenciranje nove generacije (NGS, eng. next generation sequencing) kao i automatizirani sustav za pripremu uzoraka za sekvenciranje te ostala pomoćna oprema i pripadajući potrošni materijal. Analiza podataka dobivena prilikom obrade uzoraka uz pomoć nabavljene opreme zahtijeva odgovarajuću računalnu infrastrukturu za obradu i pohranu podataka te se u tu svrhu planira i unaprjeđenje postojećih kapaciteta.

Za učinkovit nadzor epidemije SARS-CoV-2 važno je uspostaviti centralnu analizu podataka dobivenih sekvenciranjem kao i pravovremeno izvještavanje nadležnim hrvatskim i europskim institucijama te međunarodnim bazama analiziranih sekvenci. Također je u planu izrada nacionalne baze i vizualizacijskog alata koji koristi podatke iz GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data database) baze podataka.

Reprezentativni i ciljani SARS-CoV-2 pozitivni uzorci dostavljat će se na tjednoj razini iz svih laboratorija koji izvode izravnu COVID-19 dijagnostiku lokalnih zavoda za javno zdravstvo i ostalih zdravstvenih ustanova. Ovaj sustav je već implementiran, omogućen je suradnjom s Europskim centrom za sprječavanje i kontrolu bolesti (ECDC), a temelji se na aktualnim smjernicama za praćenje promjena u genomu te pravovremene detekcije SARS-CoV-2 varijanti.

 

Nositelj projekta: Hrvatski zavod za javno zdravstvo

Trajanje projekta: 03.09.2021. do 03.09.2022.

Ukupna vrijednost projekta: 2.311.832,00 eura

Voditeljica projekta:  doc.dr.sc. Irena Tabain, dr.med