Izvještaj SARS-CoV-2 (COVID-19) sekvenciranja od 02.01 do 15.01.2023

Odjel za izravnu virološku dijagnostiku pri Hrvatskom Zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) u sklopu kojeg djeluje Nacionalni referentni centar za respiratorne i enteralne viruse pri Europskom centru za sprečavanje i kontrolu bolesti (European centre for disease prevention and control- ECDC) i Referentni centar Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, samostalno uzrokuje ili zaprima SARS-COV-2 pozitivne uzorke iz javnozdravstvenih ustanova i bolnica Republike Hrvatske. Zbog provođenja nadzora nad širenjem virusa i praćenja varijanti, pozitivni uzorci se zatim sekvenciraju u HZJZ. Genomski nadzor treba pratiti preporuke Europskog centra za sprečavanje i kontrolu bolesti ECDC za reprezentativno uzorkovanje1.

Rezultati sekvenciranja SARS-COV-2 uzoraka prijavljuju se ECDC-u i unose u internacionalnu bazu podataka (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dana- GISAID2). U svrhu prikaza rezultata sekvenciranja izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain3 projekta. Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 sa područja Republike Hrvatske koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci. Navedenom alatu možete pristupiti OVDJE.

Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) prati određene Omikron podvarijante4. Varijante od interesa (variants of concern- VOC) su one čije promjene u genomu utječu na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa. Trenutno je to Omikron BA.5 varijanta. Varijante pod nadzorom (variants under monitoring- VUM) su one koje imaju promjene u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik i koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.

 

Kretanje navedenih varijanti u RH u zadnjih 10 tjedana prikazano je na slici 1.

Slika.1 Grafički prikaz kretanja omikron varijanti u zadnjih 10 tjedana u RH. * Varijante BQ.1,BF.14, BF.7  brojale su se zasebno od BA.5 te XBB.1.5 zasebno od XBB

 

U razdoblju od 02.01.2023. do 15.01.2023. ukupno je sekvencirano 202 uzoraka. BA.5 (uključujući BE, BF, BQ) je i u ovom razdoblju dominantna varijanta te čini 79,12% svih sekvenciranih uzoraka, odnosno 160 uzoraka. Zabilježeno je još 29 uzorka BA.2 (13,35%),  11 uzoraka XBB te po 1 BA.4 i 1 XBF uzorak. Od VUM koje prati SZO, treba naglasiti pojavu prvih slučajeva podvarijante XBB.1.5, koja je prvi put službeno tipizirana u Hrvatskoj, 29.12.2022. U razdoblju od 02.01 do 15.01 zabilježeni su  XBB.1.5 u 9 (4,46%) uzoraka, BQ.1 u 95 (47.03%) uzoraka, BF.7 u 16 uzoraka (7,92%), BF.14 u 10 uzoraka (4,95%), BA.2.75 u 27 uzoraka(13,36%), XBB u 11 uzorka te BA.4 u 1 uzorka (Slika 2.).

Slika 2. Grafički prikaz udjela omikron podvarijanti označenih u ovome trenutku kao VUM) od strane SZO *U ovom prikazu varijante BQ.1, BF.7 te BF.14 brojale su se zasebno te nisu brojani u BA.5 skupinu.

 

Uspoređujući udio varijanti u zadnjih mjesec dana na tjednoj bazi zabilježili smo porast BQ.1 u ukupnom udjelu sekvenciranih uzoraka sa 39,6% na 46,84%. Ipak, treba naglasiti kako u ukupnom udjelu svih sekvenciranih uzoraka u zadnjih mjesec dana, varijanta omikrona BA.5 je u laganom padu sa 83,78% na 74,68%, dok je zabilježen rast varijante BA.2.75 sa 11,35% na 17,72% (slika 3).

Slika 3. Grafički prikaz udjela određenih Omikron podvarijanti pod nadzorom u 4 uzastopna vremenska razdoblja.*Podaci za zadnji tjedan sekvenciranja su nepotpuni.

 

1.        https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-representative-and-targeted-genomic-sars-cov-2-monitoring

2.        Khare, Shruti et al. “GISAID’s Role in Pandemic Response.” China CDC weekly vol. 3,49 (2021): 1049-1051. doi:10.46234/ccdcw2021.255 (https://gisaid.org/)

3.        Hadfield, James et al. “Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 34,23 (2018): 4121-4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407 (https://nextstrain.org/)

4.        https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants