Hrvatski zavod za javno zdravstvo osnovan je 1893. godine Naredbom Kraljevske zemaljske vlade pod brojem 10476. Kraljevska zemaljska vlada Kraljevine Hrvatske i Slavonije donosi Zakon o obvezatnom cijepljenju i docjepljivanju protiv velikih boginja. S tim povezano, 1893. godine Vlada osniva „Kraljevski zemaljski zavod za proizvodnju animalnog cjepiva protiv boginja“, koji kao preteča današnjeg Zavoda djeluje do 1928 godine. 1907. godine osnovan je „Humano medicinski mikrobiološki i kemijski zavod“ kojega kasnije preuzima Vlada pod imenom „Kraljevski kemijski bakteriološki zavod“, a 1923. godine ga dr. Andrija Štampar preimenuje u „Epidemiološki zavod“. Dr. Andrija Štampar osniva i „Institut za socijalnu medicinu“ te se općom reorganizacijom sve ove ustanove spajaju u „Higijenski zavod sa školom narodnog zdravlja“. Tijekom povijesti Zavod djeluje pod raznim nazivima i zajedno s drugim ustanovama kao „Zdravstveni zavod“, „Higijenski zavod“, „Centralni higijenski zavod“, „Republički zavod za zaštitu zdravlja“, „Zavod za zaštitu zdravlja Republike Hrvatske“, a 1993. godine dobiva sadašnje ime „Hrvatski zavod za javno zdravstvo“.
Za osnivanje današnje mreže zavoda za javno zdravstvo zaslužan je dr. Andrija Štampar, pionir u preventivnoj medicini te jedan od osnivača i prvi predsjednik opće skupštine Svjetske zdravstvene organizacije. Dr. Andrija Štampar je otac preventivne medicine i to ne samo u Hrvatskoj nego i u svijetu, a njegova definicija zdravlja kao stanja potpunog fizičkog, mentalnog i društvenog blagostanja, a ne samo odsustva bolesti ili nesposobnosti, održala se do današnjih dana te je ugrađena u Ustav Svjetske zdravstvene organizacije.