Odjel za izravnu virološku dijagnostiku pri Hrvatskom Zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) u sklopu kojeg djeluje Nacionalni referentni centar za respiratorne i enteralne viruse pri Europskom centru za sprečavanje i kontrolu bolesti (European centre for disease prevention and control- ECDC) i Referentni centar Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, samostalno uzrokuje ili zaprima SARS-COV-2 pozitivne uzorke iz javnozdravstvenih ustanova i bolnica Republike Hrvatske. Zbog provođenja nadzora nad širenjem virusa i praćenja varijanti, pozitivni uzorci se zatim sekvenciraju u HZJZ. Genomski nadzor treba pratiti preporuke Europskog centra za sprečavanje i kontrolu bolesti ECDC za reprezentativno uzorkovanje1.
Rezultati sekvenciranja SARS-COV-2 uzoraka prijavljuju se ECDC-u i unose u internacionalnu bazu podataka (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dana- GISAID2).
U svrhu prikaza rezultata sekvenciranja izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain3 projekta.
Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 sa područja Republike Hrvatske koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci. Navedenom alatu možete pristupiti OVDJE.
Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) prati određene Omikron podvarijante4. Varijante od interesa (variants of concern- VOC) su one čije promjene u genomu utječu na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa. Trenutno je to Omikron BA.5 varijanta.
Varijante pod nadzorom (variants under monitoring- VUM) su one koje imaju promjene u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik i koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.
Kretanje navedenih varijanti u RH u zadnjih 10 tjedana prikazano je na slici 1.
Slika.1 Grafički prikaz kretanja omikron varijanti u zadnjih 10 tjedana u RH. * Varijante BQ.1,BF.14, BF.7, XBB brojale su se zasebno od BA.5
U razdoblju od 24.10.2022. do 6.11.2022. ukupno je sekvencirano 434 uzoraka. BA.5 (uključujući BE, BF, BQ) je i u ovom razdoblju dominantna varijanta te čini 97,93% svih sekvenciranih uzoraka, odnosno 425 uzoraka. Zabilježeno je još 5 uzoraka BA.4 te 4 uzorka BA.2.
Od VUM koje prati SZO, u Hrvatskoj su u ovom razdoblju zabilježeni BQ.1 i to kod 42 (9.68%) uzoraka, BF.7 u 87 uzoraka (20,05%), BF.14 u 27 uzoraka (6,22%), BA.2.75 u 4 uzorka, XBB sa 2 uzorka te BA.4.6 u 2 uzorka (Slika 2.)
Slika 2. Grafički prikaz udjela omikron podvarijanti označenih u ovome trenutku kao VUM od strane SZO. *U ovom prikazu varijante BQ1, BF.7, BF.14 te XBB brojale su se zasebno te nisu brojani u BA.5 skupinu.
Uspoređujući udio varijanti u zadnjih mjesec dana zabilježili smo porast BQ.1 u ukupnom udjelu sekvenciranih sa 4% na 12%. (slika 3)
Slika 3. Grafički prikaz udjela određenih Omikron podvarijanti pod nadzorom u 4 uzastopna vremenska razdoblja.*Podaci za zadnji tjedan sekvenciranja su nepotpuni.
1. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-representative-and-targeted-genomic-sars-cov-2-monitoring
2. Khare, Shruti et al. “GISAID’s Role in Pandemic Response.” China CDC weekly vol. 3,49 (2021): 1049-1051. doi:10.46234/ccdcw2021.255 (https://gisaid.org/)
3. Hadfield, James et al. “Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 34,23 (2018): 4121-4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407 (https://nextstrain.org/)
4. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants