Odjel za izravnu virološku dijagnostiku te Odjel za genotipizaciju pri Hrvatskom Zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) u sklopu kojih djeluje Nacionalni referentni centar za respiratorne i enteralne viruse pri Europskom centru za sprečavanje i kontrolu bolesti (European centre for disease prevention and control- ECDC) i Referentni centar Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, samostalno uzrokuju ili zaprimaju SARS-COV-2 pozitivne uzorke iz javnozdravstvenih i bolničkih ustanova Republike Hrvatske. Zbog provođenja nadzora nad širenjem virusa i praćenja varijanti, pozitivni uzorci se zatim sekvenciraju u HZJZ. Genomski nadzor treba pratiti preporuke Europskog centra za sprečavanje i kontrolu bolesti ECDC za reprezentativno uzorkovanje1.
Rezultati sekvenciranja SARS-CoV-2 prijavljuju se ECDC-u i unose u internacionalnu bazu podataka (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dana- GISAID2). U svrhu prikaza rezultata sekvenciranja izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain3 projekta. Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 sa područja Republike Hrvatske koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci. Navedenom alatu možete pristupiti OVDJE.
Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) prati određene omikron podvarijante4. Varijante od interesa (variants of concern- VOC) su one čije promjene u genomu utječu na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa. Trenutno je WHO ne prati niti jednu VOC varijantu.
Varijante od interesa (variants of interest- VOI) su one varijante koje imaju genetske promjene za koje se zna da bi mogle utjecati na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa
Varijante pod nadzorom (variants under monitoring- VUM) su one koje imaju promjene u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik i koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.
Kretanje varijanti u RH u zadnjih 10 tjedana prikazano je na slici 1.
Slika.1 Grafički prikaz kretanja omikron varijanti u zadnjih 10 tjedana u RH. * Varijanta EG.5 brojala se zasebno od XBB.1.9.2, XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.1.9.1 i XBB.1.9.2 zasebno od XBB, DV.7 zasebno od B.1.1, JN.1 zasebno od BA.2.86, te BA.2.86
U razdoblju od 09.10.2023. do 14.12.2023. ukupno je sekvencirano 585 uzoraka. U tom razdoblju najzastupljenija je bila XBB.1.9.2 varijanta sa 124 uzorka, što čini gotovo 21,2% ukupno sekvenciranih uzoraka.
Od VOI i VUM koje prati SZO u razdoblju od 09.10.2023. do 17.12.2023. zabilježeni su XBB.1.5 sa 56 (9,6%) uzoraka, XBB.1.9.1 u 54 uzorka (9,2%), XBB u 26 uzoraka, XBB.1.16 u 113 uzoraka(19,3%), EG.5 u 83 uzoraka(14,2%), XBB.2.3. u 74 uzorka, JN.1 u 36 uzoraka, BA.2.86 u 12 uzoraka i DV.7 u 6 uzoraka (Slika 2.).
Slika 2. Grafički prikaz udjela omikron podvarijanti označenih u ovome trenutku kao VOI i VUM od strane SZO *
Varijanta XBB.1.9.2 u promatranom razdoblju između 20.11.2023. do 17.12.2023 je ostala kao i u prošlom promatranom razdoblju, najzastupljenija s 29 uzoraka, odnosno 21,2% u ukupnom udjelu sekvenciranih uzoraka(137 uzoraka). Slijedi JN.1 varijanta s 27 uzoraka te XBB.1.5 s 18 uzoraka. Rezultati za razdoblje od posljednja četiri tjedna nisu potpuni te će se u sljedećem razdoblju nadopuniti i pravovremeno ažurirati (Slika 3).
Slika 3. Grafički prikaz udjela određenih Omikron podvarijanti pod nadzorom u 4 uzastopna vremenska razdoblja.*Podaci za zadnji tjedan sekvenciranja su nepotpuni
1. https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-representative-and-targeted-genomic-sars-cov-2-monitoring
2. Khare, Shruti et al. “GISAID’s Role in Pandemic Response.” China CDC weekly vol. 3,49 (2021): 1049-1051. doi:10.46234/ccdcw2021.255 (https://gisaid.org/)
3. Hadfield, James et al. “Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 34,23 (2018): 4121-4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407 (https://nextstrain.org/)
4. https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants