Izvještaj SARS-CoV-2 (COVID-19) sekvenciranja od 16.01 do 29.01.2023.

Odjel za izravnu virološku dijagnostiku pri Hrvatskom Zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) u sklopu kojeg djeluje Nacionalni referentni centar za respiratorne i enteralne viruse pri Europskom centru za sprečavanje i kontrolu bolesti (European centre for disease prevention and control- ECDC) i Referentni centar Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, samostalno uzrokuje ili zaprima SARS-COV-2 pozitivne uzorke iz javnozdravstvenih ustanova i bolnica Republike Hrvatske. Zbog provođenja nadzora nad širenjem virusa i praćenja varijanti, pozitivni uzorci se zatim sekvenciraju u HZJZ. Genomski nadzor treba pratiti preporuke Europskog centra za sprečavanje i kontrolu bolesti ECDC za reprezentativno uzorkovanje1.

Rezultati sekvenciranja SARS-COV-2 uzoraka prijavljuju se u Europski nadzorni sustav (TESSy) i unose u internacionalnu bazu podataka (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dana- GISAID2). U svrhu prikaza rezultata sekvenciranja izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain3 projekta. Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 sa područja Republike Hrvatske koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci. Navedenom alatu možete pristupiti OVDJE.

Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) prati određene Omikron podvarijante4. Varijante od interesa (variants of concern- VOC) su one čije promjene u genomu utječu na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa. Trenutno je to Omikron B.1.1.529 varijanta.

Varijante pod nadzorom (variants under monitoring- VUM) su one koje imaju promjene u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik i koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.

Kretanje navedenih varijanti u RH u zadnjih 10 tjedana prikazano je na slici 1.

Slika.1 Grafički prikaz kretanja omikron varijanti u zadnjih 10 tjedana u RH. * Varijante BQ.1, BF.7 brojale su se zasebno od BA.5 , XBB.1.5 zasebno od XBB te CH.1.1 zasebno od BA.2.75

U razdoblju od 16.01.2023. do 29.01.2023. ukupno je sekvencirano 173 uzorka. BA.5 (uključujući BE, BF, BQ) je i u ovom razdoblju dominantna varijanta te čini 78,61% svih sekvenciranih uzoraka, odnosno 136 uzoraka. Zabilježeno je još 18 uzoraka BA.2 (10,40%), 14 XBB (8,09%),1 BA.4 te 4 rekombinatna uzorka.

VUM koje prati SZO i njihovi udjeli u ukupnom broju sekvenciranih uzoraka u razdoblju od 16. do 29.01.2023. prikazane su na slici 2.

Slika 2. Grafički prikaz udjela Omikron podvarijanti označenih kao VUM od strane SZO. *Podvarijante BQ1, BF.7 i XBB.1.5 prikazane su zasebno te nisu ubrojene u BA.5 odnosno XBB varijante.

 

Uspoređujući udio podvarijanti u zadnjih mjesec dana po tjednima, zabilježili smo porast BQ.1 u ukupnom udjelu sekvenciranih uzoraka sa 46,36% na 56,45% (slika 3).

Slika 3. Grafički prikaz udjela određenih Omikron podvarijanti pod nadzorom u 4 uzastopna vremenska razdoblja.*Podaci za zadnji tjedan sekvenciranja su nepotpuni.

 

1.        https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/guidance-representative-and-targeted-genomic-sars-cov-2-monitoring

2.        Khare, Shruti et al. “GISAID’s Role in Pandemic Response.” China CDC weekly vol. 3,49 (2021): 1049-1051. doi:10.46234/ccdcw2021.255 (https://gisaid.org/)

3.        Hadfield, James et al. “Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution.” Bioinformatics (Oxford, England) vol. 34,23 (2018): 4121-4123. doi:10.1093/bioinformatics/bty407 (https://nextstrain.org/)

4.        https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants