Na svim poplavama ugroženim područjima opća epidemiološka situacija je stabilna. Hrvatski zavod za javno zdravstvo (HZJZ) koordinira slanje pomoći na teren sukladno aktivnostima i potrebama županijskih zavoda za javno zdravstvo (ZZJZ) ugroženih područja. Na području Vukovarsko-srijemske županije prisutni su, uz timove ZZJZ Vukovarsko-srijemske županije i tim HZJZ-a, i po jedan tim ZZJZ Zagrebačke, ZZJZ Splitsko-dalmatinske, ZZJZ Istarske, ZZJZ Primorsko-goranske i ZZJZ Varaždinske županije. Na području Vukovarsko-srijemske županije i dalje se intenzivno provode aktivnosti asanacije, čišćenja poplavljenih kuća i septičkih jama. Epidemiolozi kontinuirano provode epidemiološke izvide. Stanje vodoopskrbe je nepromijenjeno u odnosu na prethodna izvješća.
Timovi ZZJZ završili su dezinfekciju i deratizaciju u Strošincima, Posavskim Podgajcima i Đurićima, a u Gunji Veterinarska stanica nastavlja s dezinfekcijom i deratizacijom objekata pod epidemiološkim nadzorom. Više timova ZZJZ i dalje rade na cjelovitom suzbijanju komaraca u općinama Drenovci, Gunja i Vrbanja.
Na području Osječko-baranjske županije provedeno je saniranje bunara na 30 lokacija tijekom 14.06.2014. Na području Sisačko-moslavačke županije planira se skoro provođenje deratizacije i dezinsekcije.
U cilju minimiziranja rizika od zaraznih bolesti važno je da se stanovništvo na ugroženim područjima strogo pridržava svih higijensko-sanitarnih preporuka, posebice onih vezanih za održavanje osobne higijene, konzumiranje isključivo zdravstveno ispravne vode i hrane, higijensku pripremu i pohranu hrane, te pravilno zbrinjavanje otpada. Također se stanovništvo upozorava, s obzirom na najezdu komaraca, na potrebu upotrebe repelenata za zaštitu od uboda komaraca, nošenja primjerene odjeće, te uklanjanje nepotrebnih predmeta (limenke, igračke, stare automobilske gume i dr) u okućnicama u kojim se može nakupljati voda, kao i redovito pražnjenje vode (npr. iz plitica vaza za cvijeće i sl.).
Na susjednim područjima u Bosni je za sada također povoljna epidemiološka situacija, nema prijava zaraznih bolesti.