Epidemiologija kao medicinska grana i znanost ima u Hrvatskoj dugu tradiciju. Korijeni današnjeg HZJZ-a sežu u 1893. godinu, kada je u Zagrebu osnovan Kraljevski zemaljski zavod za proizvodnju animalnog cjepiva protiv boginja.
Kasnije, 1923. godine, na temelju Kraljevskog zemaljskog zavoda, osnovan je Epidemiološki zavod iz kojega je nakon nekoliko reorganizacija nastao sadašnji Hrvatski zavod za javno zdravstvo. Epidemiologija kao posebna medicinska struka nastala je ranih tridesetih godina i to kao odvojak tadašnje bakteriologije.
Godine 1930. osnovan je prvi samostalan Epidemiološki odsjek pri Bakteriološko-epidemiološkom odjelu Centralnog higijenskog zavoda (danas Hrvatski zavod za javno zdravstvo). Taj se odsjek postupno razvio i proširio, obuhvativši uz epidemiologiju zaraznih i nezarazne bolesti i do konca dvadesetog stoljeća postao središnja nacionalna stručno-metodološka i operativna djelatnost za epidemiologiju. Današnja Služba za epidemiologiju je Referentni centar za epidemiologiju Ministarstva zdravstva Republike Hrvatske.
Zadaća i djelokrug rada epidemiologije je praćenje, proučavanje, sprečavanje i suzbijanje bolesti kod ljudi odnosno bavljenje pitanjima učestalosti i rasprostranjenosti bolesti, prirodnim zakonitostima njihovog nastanka (etiologija), održavanja ili iščezavanja iz ljudske populacije, a sve u cilju planskog utjecanja da se smanji učestalost bolesti ili da se neke bolesti čak posve iskorijene mjerama sprečavanja prije njihove pojave i suzbijanja, tj. izravne intervencije, ako su se već pojavile, da bi oboljelih bilo što manje.