Zavod raspolaže podacima iz Nacionalnog javnozdravstvenog informacijskog sustava (NAJS), Centralnog zdravstvenog informacijskog sustava Republike Hrvatske (CEZIH) te podacima prikupljenim kroz razne zdravstvene ankete i projekte.
NAJS obuhvaća zdravstvene registre i evidencije (https://www.hzjz.hr/nacionalni-javnozdravstveni-informacijski-sustav-najs/) koje su organizirane u poslovne domene koje se kontinuirano proširuju i dodaju.
Domena zaraznih bolesti:
- Registar zaraznih bolesti
- Registar za Legionelle
- Registar TBC
- Registar HIV/AIDS
Domena resursa u zdravstvu:
- Nacionalni registar pružatelja zdravstvene zaštite
Domena uzroka smrti:
- Baza uzroka smrti
- Registar izvršenih samoubojstava
Domena uzroka smrti:
- Registar osoba s invaliditetom
- Registar za rak
- Registar za dijabetes
- Registar osoba liječenih od bolesti ovisnosti
Domena bolnica:
- Evidencija hospitalizacija, rehabilitacija i dnevnih bolnica
- Registar poroda
- Registar prekida trudnoće
- Registar za psihoze
Podaci iz CEZIH-a dostupni su kroz suradnju s Hrvatskim zavodom za zdravstveno osiguranje (HZZO), a odnose se na zdravstvenu skrb pruženu građanima u ordinacijama na razini primarne zdravstvene zaštite (opća/obiteljska medicina, zdravstvena zaštita predškolske djece, zdravstvena zaštita žena, stomatološka zdravstvena zaštita) te specijalističko-konzilijarne zaštite (SKZZ).
Pored toga raspoloživi su i podaci o cijepljenju protiv zaraznih bolesti dostupni kroz eVaccination sustav.