Odsjek za registar za HIV u sklopu nacionalnog informacijskog sustava praćenja zaraznih bolesti i registra zaraznih bolesti provodi prikupljanje i analiziranje epidemioloških podataka o HIV-u/AIDS-u i praćenje epidemiološke situacije vezano uz infekciju HIV-om u Hrvatskoj u svrhu nacionalnog i međunarodnog izvještavanja epidemioloških podataka o HIV-u/AIDS-u, praćenja trendova pojavnosti infekcije HIV-om te izrade podataka za preporuke i intervencije sprečavanja i suzbijanja ove bolesti.
Izvori podataka za praćenje HIV-a, spolno i krvlju prenosivih bolesti su obavezne prijave zaraznih bolesti, rutinski prikupljani podaci o prevalenciji hepatitisa B (testiranje trudnica na hepatitis B), testiranjima na HIV (godišnji izvještaji laboratorija), aktivnostima iz područja prevencije krvlju i spolno prenosivih bolesti (izvještaji HIV preventivnih programa) i podaci iz epidemioloških istraživanja.
Glavni izvor podataka za praćenje HIV/AIDS-a su podaci o oboljenju/smrti od HIV-a/AIDS-a koji se prikupljaju temeljem Zakona o zaštiti pučanstva od zaraznih bolesti, Pravilnika o prijavljivanju zaraznih bolest te Državnim planom statističkih istraživanja koji formiraju registar za HIV.
Dodatni izvori podataka za praćenje infekcije HIV-om su godišnji izvještaji laboratorija koji provode testiranja na HIV, kretanje oboljelih od drugih spolno prenosivih bolesti te podaci dobiveni iz epidemioloških istraživanja, koji se prate u okviru druge generacije praćenja infekcije HIV-om (eng. second generation surveillance).