Odjel za koordinaciju projekata informira, te pruža stručnu pomoć i podršku djelatnicima Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo u pripremi i provedbi projekata financiranih iz europskih fondova.
Cilj Odjela za koordinaciju projekata je održavanje uspješnosti u pripremi i provedbi projekata u kojima HZJZ sudjeluje kroz administrativnu i organizacijsku potporu projektnim timovima i njihovim sudionicima.
Specifične aktivnosti Odjela za koordinaciju projekata:
- Informiranje djelatnika HZJZ-a o otvaranju novih natječaja
 - Pružanje pomoći u traženju projektnih partnera i koordinatora
 - Pružanje podrške u odabiru teme i instrumenata financiranja
 - Pružanje stručne podrške voditeljima projekata u usklađivanju projektnih prijedloga s projektnim natječajima
 - Pružanje savjetodavne podrške, te sudjelovanje u administrativno-financijskim pripremama i provedbi projekata
 - Sudjelovanje u realizaciji svih pripremnih i provedbenih aktivnosti
 - Izrada financijskih izvješća projekata, praćenje i kontrola namjenskog trošenja sredstava u realizaciji projekata
 - Vođenje evidencije svih prijavljenih, dobivenih i završenih projekata
 - Praćenje javne nabave u provedbi projekata