Odjel za dijagnostiku crijevnih infekcija bavi se dijagnostikom bakterijskih patogena od javnozdravstvenog značaja. U Odjelu se provode i istraživanja koja omogućuju ispitivanje najnovijih molekularnih metoda identifikacije patogena.
Sastavni dio Odjela za dijagnostiku crijevnih infekcija su sljedeći odsjeci:
- Odsjek za dijagnostiku crijevnih bakterijskih infekcija
- Nacionalni centar za Salmonele pri SZO
Na Odsjeku za dijagnostiku crijevnih bakterijskih infekcija dijagnosticiraju se crijevne patogene bakterije od javnozdravstvenog značaja korištenjem metoda mikroskopije, kultivacije, detekcije antigena i serološke dijagnostike.
U Nacionalnom centru za Salmonele izoliraju se i identificiraju Salmonele iz suradnih ustanova te prikupljaju podatci o izolatima. Centar surađuje sa Službom za epidemiologiju zaraznih bolesti i s ECDC-em.