Odjel za mikrobiološke podloge i sterilizaciju priprema preko 300 vrsta hranjivih podloga i otopina koje se koriste u dijagnostici mikroorganizama u Referentnim laboratorijima Službe za mikrobiologiju, drugim Službama i laboratorijima Zavoda te u znanstveno-nastavnoj aktivnosti Zavoda.
Odjel koristi suvremenu opremu i metode u proizvodnji mikrobioloških podloga i pripremi pročišćene vode za laboratorijsku upotrebu.
Na Odjelu se vrši dekontaminacija i sterilizacija infektivnog otpada te pranje i priprema laboratorijskog posuđa i pribora.